Ponyo, insan olmak isteyen bir Japon süs balığıdır. Beş yaşındaki Sosuke, bir sabah kayalık sahilde oynarken, saçlarını reçel kavanozuna sıkıştırmış Ponyo ile tanışır. Sosuke onu kurtarıp plâstik bir kovaya koyar. Ama bir zamanlar insan olan Fujimoto onu okyanusa dönmesi için zorlar. Ponyo ise insan olmak istemektedir.