Okulumuz 1968 yılında Boğazkale Ortaokulu adı altında açılmıştır. Okul Boğazkale İlkokulunda bir yıl, ertesi yıl da Boğazkale Belediyesi'ne ait bir binada eğitim ve öğretime devam etmiştir. 1971'den itibaren de Boğazkale Ortaokulu binasında eğitim faaliyetlerini sürdürmüştür. 1984-1985 yılında ilköğretim okuluna dönüştürülmüştür. 1989-1990 Eğitim Öğretim Yılı'nda ilköğretim okulu kapatılarak ortaokul binasında lise ve ortaokul birleştirilerek Boğazkale Ortaokulu olarak eğitim ve öğretimine devam etmiştir. 1994 yılında okulumuz yeni binasında Boğazkale Lisesi olarak hizmet vermeye başlamış, bir yıl sonra da Boğazkale Çok Programlı Lisesi olarak adı değiştirilmiştir. Okulumuz 2007-2008 Eğitim Öğretim yılından itibaren bünyesinde bulunan Muhasebe Bölümü'nün kaldırılması nedeniyle normal liseye dönüştürülerek Boğazkale Lisesi ismini almıştır.
Okulumuz şu an genel lise olarak eğitim vermektedir. Okulumuzda 16 öğretmen, 2 hizmetli ve 85 öğrenci bulunmaktadır.