phpMyAdmin ile ancak cok kücük yedekler almak mantiklidir. Ayrica örnegin 100 mb ye kadar sorunsuz bir yedek aldiniz, bunu hic bir serverden yine phpMyAdmin yöntemi ile geri yüklemeniz mümkün degildir. Cogu serverde 2-8 mb lik bir geri yükleme kapasitesi vardir ki bunlarinda bir cogu süre limitine takilarak islemi sonlandiramazlar.
Aldiginiz yedegi bigdump gibi bir script ile ile geri yüklemeyi deneyiniz.
Ama benim tavsiyem hem yedek alma islemini hemnde geri yüklemeyi mysqldumper gibi kendis profesyonel kullanimi basit bir script ile yapmanizdir.