Qobustanın torpaq örtüyü müxtəlifdir. Şərq hissədə boz, qonur şorakətli, şimal-qərbdə şabalıdı torpaqlar yayılmışdır. Qobustan adi görünüşündən fərqli olaraq bitki örtüyü ilə zəngindir. Azərbaycandakı 4000 bitki növündən 470 növünə burada təsadüf olunur. Əksəriyyəti çiçəkli bitkilərdir. Məsələn, şoran tipli yovşan, qarağan, kəngiz, xoruzgülü, qanqal, ölgürgən qayıq çiçək, baldırğan, əngiran, gülxətmi, əsmə çiçək və s. kserofit bitkilər yayılmışdır.
Quraqlığa davamlı kollar-nar, murdarça, iydə, əncir, qaramıx, itburnu, quş üzümü və başqa da vardır. Onu da qeyd edək ki, belə kolluqlar daşlı qayalarda bitməyə uyğunlaşmışlar. Çünki kiçik şehənəm yağıntılardan daşlar üzərinə düşən su damcılarından asanlıqla qidalana bilərlər.
Heyvanlar aləmi yoxsuldur. Vaxtı ilə burda geniş yayılmış məməlilərdən Ceyranın yer adlarında izi qalmışdır (Ceyran bulağı, Ceyran nohuru, Ceyrankeçməz çayı və.s). Vaxtı ilə kaftar və.b heyvanlar yaşamışdır. Lakin onun nəsli kəsilmişdir. Hazırda canavar , çaqqal, tülkü, porsuq, dovşan, sürünənlərin isə müxtəlif zəhərli növləri (ilan, kərtənkələ)kirpi, bağa və müxtəlif növ quşlar mövcuddur.