Merakla beklenen UEFA Kupası Çeyrek Final kuraları Hollanda'da çekildi. 30 Mart - 6 Nisan tarihleri arasında oynanacak karşılaşmalar çift maç eleme usulü ile oynanacak
İki Rumen takımın Çeyrek Final'de eşleşmasi kuranın en ilginç eşleşmesi olarak yorumlandı.
UEFA Kupası'nda yarı final karşılaşmalarında ise, Levski-Schalke maçının galibi, Sevilla-Zenit mücadelesinde turu geçen tarafla, Rapid Bükreş-Steaua takımlarında turu geçen takım ise, Basel-Middlesbrough takımlarının galibi ile final mücadelesine çıkacak. Yarı final maçlarında da, ilk karşılaşmalar 20 Nisan'da rövanş karşılaşmaları ise 27 Nisan'da oynanacak.
UEFA Kupası'nda 2006 yılının şampiyonunu belirleyecek olan karşılaşma ise Hollanda'nun Eindhoven Kenti'nde 10 Mayıs'ta yapılacak.