Son iki sezon Ankaragücü'nün kaptanlığını da yapan Emre Güngör, 22 kez Ümit Milli oldu. 2007 - 2008 sezonu ara transfer döneminde Galatasaray'a katıldı. Rigobert Song gibi bir dünya yıldızının Afrika Kupası'nda bulunduğu sırada forma şansı bulan Emre, Galatasaray defansına çabuk uyum sağladı. Kısa sürede defansın vazgeçilmezi haline gelen Emre, Fatih Terim tarafından Euro 2008 kadrosuna dahil edildi.